离心机差速离心是指逐渐增加离心速度或低速离心与告诉离心交替进行，用大小不同的离心力使具有不同沉降系数的分子分批分离的方式，它适用于沉降系数差别较大的混合样品的分离。沉降系数S差别越大，分离效果越好。
离心机进行差速离心时，首先要选择好颗粒沉降所需的离心力和离心时间。离心力过大或离心时间过长，容易导致大部分或全部颗粒沉降及颗粒被挤压损伤。当以一定离心力在一定的离心时间内进行离心时，在离心管底部就会得到最大和最重那粒的沉淀分出的上清液在加大转速下进行离心，又得到第二部分较大，较重颗粒的沉淀及含小和轻颗粒的上清液，如此多次离心处理，即能把液体中的不同颗粒较好地分离开。此法所得沉淀是不均一的，仍混杂有其他成分，需经再悬浮和再离心，才能得到较纯颗粒。
离心机差速离心法主要用于分离细胞器和病毒。其优点是：操作简单。缺点：分离效果差，壁效应严重。颗粒被挤压。
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